1、實施主體不同
PPP模式的投資、融資、建設(shè)、運營主體為項目公司(社會資本方獨資或控股設(shè)立)，專項債項目的實施主體則是政府職能部門(有些運營主體為事業(yè)單位，如學(xué)校、醫(yī)院、博物館等)，承擔(dān)的主要角色通常為項目立項主體和申債主體。
對于實施主體的不同，專項債項目更傾向于建設(shè)方面，相較于運營方面，PPP模式更強調(diào)績效考核下的項目產(chǎn)出，社會資本方長期從事經(jīng)營類項目的運營工作，因此PPP更有利于經(jīng)營類項目長期運營管理效率的提升。
3、政府出資方式與收益風(fēng)險不同
對于發(fā)行專項債的項目，地方財政需要根據(jù)項目建設(shè)進度配套出資大部分項目資本金，債券存續(xù)期內(nèi)根據(jù)發(fā)行利率還本付息。而推行PPP的初衷是希望吸收社會資本進行投資，提升項目運作效率，因此政府出資在PPP項目中占比較少或不出資，PPP項目在建設(shè)期間，政府一般不出資或出小部分資本金，杠桿撬動作用明顯，運營期根據(jù)績效評價結(jié)果付費。
項目和專項債二者主要區(qū)別：
1.實施主體不同。
2.運作流程不同。
3.資金支出科目不同。
4.項目收益要求及政府支出額度不同。